Non mi chiamate seccante, ma questo è un articolo inutile (oltreché simile ad altri precedenti). Vi spiego perché.
La proteina SARS-CoV2 N, ossia la proteina N del nucleocapside (codice:P0DTC9·NCAP_SARS2), è stata studiata in una serie di laboratori per capire con quali proteine umane interagisse, anche se le tecniche utilizzate “vedono” solo l’interazione fisica (cioè che le due proteine formano un complesso unico) ma non possono dire se questa interazione fisica sfoci poi in una reale funzione biologica. Il risultato finale è che sono state trovati, per PODTC9, ben 585 interattori molecolari (le proteine umane) con cui essa genera 824 interazioni.
Qui trovate l’elenco: https://thebiogrid.org/4...ome-coronavirus-2/n.html
PODTC9 possiede 419 amminoacidi organizzati in nuclei strutturati connessi da lunghi segmenti disordinati (molto mobili) che sono per definizione i luoghi dove ci sono i siti (residui di aa) che vengono modificati covalentemente da enzimi cellulari dopo la traduzione sul ribosoma (modifiche post-traduzionali o PTM) attraverso le quali le proteine native acquisiscono la capacità di svolgere una specifica funzione biologica (le circa 20.000 proteine native, così come codificate nel nostro genoma, non esistono come tali nel nostro organismo, esistono solo come proteoma, contenente centinaia di migliaia di proteoforme modificate e diverse, e per tempi brevi (minuti), ciascuna che agisce in un posto specifico e in un momento metabolico specifico della singola cellula, incontrando altre proteine per svolgere una funzione specifica). Purtroppo, non siamo ancora in grado di definire il dove, il quando ed il come. Solo ora cominciamo ad avere qualche tecnologia adeguata. Questo per dire che la proteina N, avendo ben 39 siti di modifiche post-traduzionali, da sola, può essere coinvolta in migliaia di funzioni metaboliche diverse, ovviamente in specifici momenti spazio-temporali (nelle 24 ore).
Qui trovate tutte le informazioni su PODTC9: https://www.uniprot.org/...P0DTC9/entry#interaction
Non è filosofia, questa è la realtà metabolica che negli ultimi venti anni sta robustamente configurando la medicina molecolare e, si spera, la medicina di precisione.
Torniamo alla nostra proteina. Quando nell’articolo (su Annals of Internal Medicine) si dice che il livello basale dell'antigene N virale plasmatico è stato misurato in un laboratorio centrale, significa che è stata misurata la concentrazione plasmatica di questa proteina ed associata alla concentrazione sempre plasmatica della variante Delta, allora imperante. Questa associazione e stata statisticamente associata agli esiti della malattia, derivandone elucubrazioni cliniche varie tutte rigorosamente espresse con “might be” o “may be” e concludendo che N è un biomarker che “enhance our understanding of the pathogenesis of COVID-19”.
Premesso che quando si dice "ricerca dell’antigene N", vogliamo dire che c’è un sistema caricato con l’anticorpo di cattura anti-N, marcato, quindi reso visibile, che si legherà al biomarcatore, cioè alla proteina N. Quindi altro non è che la determinazione della concentrazione di N nel plasma attraverso una reazione antigene anticorpo.
Allora, una cellula umana tipo è infettata al picco (3° giorno) da delta con circa 5.000 particelle virali che, quando avranno tradotto il loro RNA, genereranno circa 5.000 copie di ciascuna delle 29 proteine codificate nel genoma virale (potete trovare le informazioni qui: https://www.pnas.org/doi.../10.1073/pnas.2024815118 ).
Questo significa che abbiamo circa 5.000 singole molecole della proteina N in giro per ogni singola cellula e poiché esse hanno un enorme potenziale funzionale altamente diversificato a causa delle numerosissime modifiche PTM che subiscono, come facciamo a sapere dove, come, quando e cosa fanno per giustificare che sono coinvolte nella mortalità dei pazienti?
La loro presenza “free” nel plasma è indipendente da cosa abbiano fatto “dentro” e, se sono “free”, significa solo che derivano da cellule morte, perché esse operano solo in cellule vive. È la stessa cosa di quando troviamo l’RNA virale in un fiume. Possiamo solo dire che c’è in giro il virus, non se, e come, sta ammazzando le persone. Questo lo si accerta in altri modi. Per cui a che serve usare questo costoso test ELISA per N, se abbiamo già l’efficiente, affidabile e poco costosa PCR? E poi, se vogliamo usarlo per distinguere o classificare le varie varianti, si usano metodi molto più specifici ed affidabili. È anche evidente che la concentrazione di N sarà più elevata in pazienti più gravi e quindi con un maggior numero di cellule “ammazzate” dal virus.
Allora, a che serve tutto quello che è stato fatto? E’ solo una inutile esternazione accademica con enorme dispendio economico e organizzativo. Con approcci osservazionali macroscopici non si possono trarre informazioni microscopiche e fare illazioni cliniche, perché non c’è correlazione causa-effetto. Questo è il millennio della Biocomplessità e, in medicina, quando si parla di effetti dovuti alla complessità del sistema metabolico, si usano approcci molecolari quantitativi (bottom-up = approccio indeterministico), non più illazioni qualitative e confondenti (top-down = approccio deterministico). Ve lo dice banalmente il fatto che questo lavoro ha avuto 69 menzioni nei blogs di giornali di notizie attinenti alla medicina, in 3 blogs, 259 tweets, e 2 menzioni su pagine facebook, tutta immagine, ma nessuna citazione in articoli scientifici (PubMed). Questo è uno dei motivi per cui non si trovano farmaci specifici per curare la covid (cioè, che "ammazzano" il virus).
Un saluto